精浆通过尿道时常被细菌污染，造成了精液培养结果评价的困难。因此，精液培养应该在特定的情况和条件下进行。由于83%的不育者可能出现精液培养阳性结果，因而细菌培养与不育的关系很难确定。
有以下情况时应作精液培养：（1）生殖道感染；（2）前列腺液异常；（3）每毫升精液中含病原菌超过1000个；（4）每毫升精液中白细胞超过106（脓精症）。
生殖道感染最常见的病原体见下表。淋球菌感染是最常见的感染。10%-25%的衣原体感染可能无症状。阴道毛滴虫通常导致有症状的原虫感染，占非淋菌性感染的1%-5%。解脲脲原体是性活动期男子（30%-50%正常男子）尿道的常驻微生物，与1/4的非淋菌性感染相关。支原体是需氧微生物，已知在男性生殖道驻扎。更少见但可能的病原体还有厌氧菌和结核杆菌。
表.男性生殖道感染最常见的微生物
淋病奈瑟氏球菌 巨细胞病毒
阴道毛滴虫 人类乳头状病毒
解脲脲原体 爱巴病毒
大肠杆菌（其它革兰氏阴性杆菌） 乙型肝炎病毒
人型支原体 人类免疫缺陷病毒
